Скорее всего датчик температуры в полу расположен слишком близко к нагревательному кабелю или нагревающейся карбоновой полосе греющей пленки. При включении теплого пола происходит "щелчек" регулятора температуры, что говорит о включении теплого пола. Датчик температуры реагирует на повышение температуры и подает сигнал регулятору температуры, который "щелкнув" отключает теплый пол. Такой цикл может повторятся каждую минуту при очень близком расположении датчика температуры к нагревательному элементу. Такое расположение датчика температуры обычно применяют для защиты нагревательного элемента от перегрева. Правильное расположение датчика температуры для систем "теплый пол" вы увидите на рисунках ниже.
Еще одна возможная причина частых или многократных щелчков, это очень короткий период Гистерезиса в настройках регулятора температуры. Гистерезис - это задержка на включение или отключение системы теплого пола. Как правило в настройках регулятора температуры Гистерезис равен 2-3 градусам (оптимально) и эти значения можно сделать больше или меньше, но не в механических регуляторах температуры. В настройках регулятора температуры данное значение может обозначаться как DIF, DT (возможны другие аббревиатуры). Работает это так, при достежении установленной Вами температуры, теплый пол не отключиться пока температура не поднимется еще на 2-3 градуса, и не включиться пока температура не опуститься ниже установленной на 2-3 градуса.